Système digestif

Anatomie et physiologie du système digestif : la digestion pas à pas

Par ESSR • 28 octobre 2026

Thérapeute formée à l'APP de l'ESSR guidant la main d'un client sur son abdomen dans un cabinet en Suisse romande

21 min de lecture

Entre la première bouchée et l’évacuation des déchets, huit segments de tube et quatre organes annexes se relaient sans que vous y pensiez une seconde. L’appareil digestif part de la bouche et se termine à l’anus. Il fait entrer la nourriture, la réduit en nutriments, fait passer ces nutriments dans le sang et rejette ce qui ne sert pas [1]. Maîtriser l’anatomie et la physiologie du système digestif, c’est disposer de la carte que tout thérapeute devrait avoir en tête face à une plainte abdominale. Ce guide suit la digestion pas à pas : bouche et œsophage, estomac, intestin grêle, côlon, puis foie, vésicule biliaire et pancréas, avant les membranes qui tiennent l’ensemble et l’inflammation du pancréas.

Anatomie et physiologie du système digestif : quels organes, quelles fonctions ?

En bref : L’appareil digestif s’étend de la bouche à l’anus. Il fait entrer les aliments, les dégrade en nutriments, absorbe ces nutriments dans le sang et élimine les parties indigestes. Le tube digestif réunit la bouche, la gorge, l’œsophage, l’estomac, l’intestin grêle, le gros intestin, le rectum et l’anus ; quatre organes et glandes travaillent hors de ce tube, le pancréas, le foie, la vésicule biliaire et les glandes salivaires. L’estomac fragmente et acidifie, l’intestin grêle absorbe la majeure partie de l’eau et des nutriments, le côlon récupère une partie de l’eau restante et le rectum reçoit les selles avant leur évacuation.

Le système digestif se résume à un long tube, épaulé par des glandes qui y déversent leurs sécrétions. Sa fonction tient en quatre verbes : ingérer, digérer, absorber, éliminer [1].

Le tube digestif comprend la bouche, la gorge et l’œsophage, l’estomac, l’intestin grêle, le gros intestin, le rectum et l’anus [1]. Quatre organes et glandes complètent l’appareil sans faire partie du tube : le pancréas, le foie, la vésicule biliaire et les glandes salivaires [1].

Cette distinction a une portée pratique. Les aliments ne traversent ni le foie ni le pancréas : ces organes participent à la digestion à distance, par leurs sécrétions. Les sections suivantes reprennent le trajet organe par organe, puis les glandes annexes et les membranes qui maintiennent le tout en place.

Comment est constitué l’œsophage et comment fonctionne-t-il ?

L’œsophage est un canal musculaire à parois fines, recouvert de muqueuse, qui relie la gorge à l’estomac [2]. Les aliments n’y descendent pas seulement par gravité : des ondes de contractions musculaires rythmiques les poussent vers le bas, un mécanisme appelé péristaltisme [2].

Le trajet commence pourtant plus haut, car la digestion débute dès la bouche. Les dents fragmentent les aliments par la mastication, tandis que la salive produite par les glandes salivaires les humidifie pour faciliter leur passage ; une enzyme de la salive amorce aussi la dégradation de l’amidon [3].

Une fois avalés, aliments et liquides passent dans la gorge (le pharynx). La déglutition démarre de façon volontaire, puis se poursuit automatiquement, tandis que l’épiglotte se ferme pour que les aliments et les liquides ne descendent pas dans la trachée [2].

Aux deux extrémités de l’œsophage se trouvent des muscles en forme d’anneau, les sphincters œsophagiens supérieur et inférieur. Ils s’ouvrent et se ferment, et évitent ainsi que le contenu de l’estomac ne reflue vers l’œsophage ou vers la gorge [2]. Retenez ce duo « tube musculaire et valves » : vous le retrouverez tout au long du trajet, du pylore jusqu’à l’anus.

Quelle est l’anatomie et la physiologie de l’estomac ?

L’estomac est un grand organe musculaire creux, en forme de haricot, dans lequel on distingue quatre zones : le cardia, le fundus, le corps et l’antre [4]. Il remplit deux tâches successives, stocker puis broyer.

À l’arrivée de la nourriture, le cardia et le fundus se relâchent pour l’accueillir. Le corps et l’antre se contractent ensuite de façon rythmique, mélangent les aliments à l’acide et aux enzymes, puis les fragmentent [4].

Parmi les principales sécrétions gastriques figurent :

Le mucus, qui protège la paroi contre l’acide et les enzymes [4] ;
L’acide chlorhydrique, qui crée le milieu acide dont la pepsine a besoin et tue la plupart des bactéries [4] ;
Le pepsinogène, précurseur de la pepsine, l’enzyme qui fragmente les protéines [4] : sécrété sous forme inactive par les cellules principales de l’estomac, il est activé en pepsine par le milieu acide gastrique ;
Le facteur intrinsèque, produit par les cellules pariétales, nécessaire à l’absorption de la vitamine B12 dans la partie terminale de l’iléon [5].

La muqueuse de l’antre libère aussi une hormone, la gastrine, qui stimule les cellules pariétales et participe ainsi à la régulation de la sécrétion gastrique [5].

Une idée reçue tombe au passage : l’estomac n’absorbe presque rien. Seules quelques substances, comme l’alcool et l’aspirine, passent directement de l’estomac dans le sang, et en très petites quantités [4].

Comment fonctionne le duodénum, et où les nutriments sont-ils absorbés ?

L’absorption des nutriments se joue dans l’intestin grêle, dont le duodénum forme le premier segment [6]. Le contenu de l’estomac y entre par le sphincter pylorique, dans les quantités que l’intestin grêle peut digérer ; quand il est plein, il signale à l’estomac d’interrompre la vidange [6].

Le duodénum est aussi un carrefour. Il reçoit les enzymes venues du pancréas et la bile venue du foie et de la vésicule biliaire, par une ouverture appelée ampoule de Vater, qui contient le sphincter d’Oddi [6].

Pour absorber, la muqueuse multiplie sa surface grâce à des replis, des villosités et des microvillosités [6]. Les parois de l’intestin grêle, du duodénum à l’iléon, absorbent l’eau et les nutriments digérés [3]. Le jéjunum et l’iléon participent largement à l’absorption des nutriments [6].

Tous les nutriments ne prennent pas le même chemin. Les sucres simples et les acides aminés rejoignent le foie par le sang [3], via la veine porte [6]. Les graisses passent en grande partie par les vaisseaux lymphatiques [3]. Les lipides alimentaires à longue chaîne sont majoritairement réassemblés en triglycérides dans les cellules de l’intestin (les entérocytes), puis transportés sous forme de chylomicrons par les vaisseaux lymphatiques avant de rejoindre la circulation sanguine [7].

Le chiffre à retenir : l’intestin grêle absorbe la plupart des nutriments et tout le liquide, sauf environ 1 litre, avant de se vider dans le gros intestin [6].

Quelle est l’anatomie du côlon, et comment se termine la digestion ?

Le gros intestin termine le travail : il récupère une partie de l’eau restante et forme les selles. Il comprend le cæcum, où l’intestin grêle le rejoint, le côlon ascendant (à droite), le côlon transverse, le côlon descendant (à gauche) et le côlon sigmoïde, relié au rectum [8].

Sa paroi sécrète du mucus et absorbe l’eau contenue dans les selles. Le contenu intestinal y arrive liquide et atteint le rectum, en général, sous forme solide [8].

Le côlon abrite aussi des bactéries, la flore résidente, ou microbiote. Elles peuvent poursuivre la digestion de certaines matières, ce qui produit des gaz [8]. Certaines fermentent une partie des fibres alimentaires et produisent des acides gras à chaîne courte, dont le butyrate : celui-ci sert de principale source d’énergie aux cellules du côlon et participe au maintien de la barrière intestinale [9].

Certaines bactéries fabriquent aussi de la vitamine K, qui joue un rôle majeur dans la coagulation [8]. Il s’agit de ménaquinones, des formes de vitamine K2, dont la contribution exacte aux besoins en vitamine K de l’organisme reste difficile à quantifier.

Dernière étape, le rectum, qui débute juste après le côlon sigmoïde [10]. Les selles se forment progressivement dans le côlon, notamment dans ses portions descendante et sigmoïde ; le côlon sigmoïde participe à leur stockage et à leur progression vers le rectum. Leur arrivée dans le rectum fait apparaître le besoin d’aller à la selle [10]. Le rectum sert alors de réservoir temporaire jusqu’à l’évacuation [3].

La continence repose sur deux sphincters. Le sphincter anal interne est un muscle lisse, qui fonctionne de façon involontaire ; le sphincter anal externe est un muscle strié, que l’on contrôle volontairement. Ensemble, ils gardent l’anus fermé et se relâchent au moment de la défécation.

Comment fonctionnent le foie, la vésicule biliaire et le pancréas ?

Le foie, la vésicule biliaire et le pancréas, trois des quatre organes annexes, participent à la digestion sans être traversés par les aliments. La bile produite par le foie et stockée dans la vésicule biliaire, ainsi que le suc pancréatique, rejoignent le duodénum [6]. Le foie et le pancréas assurent aussi d’autres fonctions, métaboliques et hormonales, qui ne passent pas par cette voie digestive.

Le foie, usine du métabolisme

Le foie est le plus grand organe interne du corps humain [11]. Ses tâches dépassent largement la digestion : il produit environ la moitié du cholestérol de l’organisme, dont la majorité sert à fabriquer la bile ; il stocke les sucres en glycogène et les relâche en glucose ; il synthétise l’albumine et les facteurs de coagulation ; il métabolise toxines et médicaments [11].

Il reçoit son sang par deux voies [12]. La veine porte lui amène de nombreux nutriments venus des intestins et lui apporte aussi de l’oxygène ; l’artère hépatique lui fournit un sang riche en oxygène venu du cœur [12].

La vésicule biliaire, réservoir de bile

La vésicule biliaire est une petite poche musculaire en forme de poire qui stocke la bile [13]. La bile, fabriquée par le foie, facilite la digestion des graisses [3]. Elle n’est pas une enzyme : ses sels biliaires facilitent l’émulsification des graisses et permettent la formation de micelles, qui favorisent le transport des produits de la digestion des lipides vers la surface des entérocytes et leur absorption.

Entre les repas, la vésicule garde la bile en réserve ; quand vous mangez, elle se contracte et la chasse vers l’intestin grêle [3]. Pendant le repas, la présence de graisses et de protéines dans l’intestin déclenche la libération de cholécystokinine, une hormone qui fait contracter la vésicule biliaire ; la bile s’écoule alors dans le duodénum [14].

Jusqu’à 90 % de l’eau de la bile est réabsorbée dans la vésicule, ce qui la concentre. Le recyclage impressionne : environ 90 % des sels biliaires sont réabsorbés au niveau de l’iléon et renvoyés au foie, 10 à 12 fois par jour [13].

Le pancréas, glande double

Le pancréas contient deux tissus glandulaires, les acini et les îlots de Langerhans [15]. Sa partie exocrine produit des enzymes digestives, notamment l’amylase et la lipase, ainsi que des précurseurs inactifs d’enzymes protéolytiques, comme le trypsinogène [16]. Ces précurseurs sont normalement activés une fois arrivés dans le duodénum, où le trypsinogène devient la trypsine [16].

Les cellules des canaux pancréatiques sécrètent un liquide riche en bicarbonate [16], qui protège le duodénum en neutralisant l’acide venu de l’estomac [15]. Les îlots de Langerhans, eux, fabriquent l’insuline, le glucagon et la somatostatine [15]. L’insuline et le glucagon sont libérés dans la circulation sanguine pour participer à la régulation métabolique ; le rôle de l’insuline est détaillé dans notre article Qu’est-ce que le diabète de type 1 ?. La somatostatine exerce notamment une action locale sur les autres cellules des îlots, en freinant la sécrétion d’insuline et de glucagon [17].

Qu’est-ce que le péritoine, le mésentère et le grand épiploon ?

Le péritoine est la membrane qui recouvre la cavité abdominale et tapisse la majorité de la surface externe des organes digestifs [1]. Cette cavité, qui contient la plupart de ces organes, est limitée par la paroi abdominale, la colonne vertébrale, le diaphragme et les organes pelviens [1].

Le péritoine compte deux feuillets : le péritoine pariétal, qui tapisse la face interne des parois de l’abdomen, et le péritoine viscéral, qui recouvre les organes [18]. Entre les deux se trouve la cavité péritonéale, un espace normalement virtuel qui ne contient qu’une faible quantité de liquide séreux ; ce film permet aux surfaces de glisser l’une contre l’autre quand les organes bougent [18].

Le mésentère, les épiploons et les ligaments péritonéaux sont des replis du péritoine lui-même, et chacun a son rôle :

Le mésentère rattache les organes abdominaux à la paroi abdominale et contient de nombreux vaisseaux sanguins, nerfs et vaisseaux lymphatiques [19].
Les ligaments péritonéaux relient des organes entre eux ou à la paroi, les maintiennent en position et portent des vaisseaux et des nerfs [18].
Le grand épiploon (grand omentum) pend depuis la grande courbure de l’estomac, se replie devant l’intestin grêle comme un rideau, puis remonte s’attacher au côlon transverse [18] ; il fait office de couche protectrice et isolante [19].

Tous les organes ne sont pas enveloppés de la même façon [18] :

Position	Organes	Particularités
Majoritairement intrapéritonéaux	estomac, rate, foie, portion proximale du bulbe duodénal, jéjunum, iléon, côlon transverse, côlon sigmoïde	recouverts en grande partie de péritoine viscéral ; le foie possède notamment une zone nue, dépourvue de péritoine, au contact direct du diaphragme [14]
Principalement secondairement rétropéritonéaux	duodénum hors portion proximale du bulbe, tête et corps du pancréas, côlon ascendant, côlon descendant	situés en arrière du péritoine pariétal, seule leur face antérieure est recouverte

La queue du pancréas fait exception : étroitement liée au hile de la rate, elle chemine avec les vaisseaux spléniques dans le ligament splénorénal, en situation intrapéritonéale [20]. Le rectum n’entre dans aucune des deux cases : son recouvrement varie selon l’étage, son tiers supérieur étant recouvert de péritoine sur ses faces antérieure et latérales, son tiers moyen sur sa face antérieure seulement, tandis que son tiers inférieur n’est pas recouvert.

Être intrapéritonéal ne signifie pas flotter librement : des replis et des ligaments maintiennent ces organes en position [18]. Pour un thérapeute, cette géographie aide à se représenter comment les organes sont tenus dans l’abdomen.

Pancréatite : l’inflammation du pancréas

La pancréatite est l’inflammation du pancréas, un organe d’environ 13 centimètres de long, en forme de feuille, entouré par le bord inférieur de l’estomac et par le duodénum [21]. Elle provoque le plus souvent une douleur sévère de la partie supérieure de l’abdomen, souvent accompagnée de nausées et de vomissements [21]. Dans la pancréatite aiguë, cette douleur irradie vers le dos dans près de la moitié des cas [22].

Les deux causes les plus fréquentes sont les calculs biliaires et la consommation d’alcool [22]. D’autres existent, notamment certains médicaments, certaines infections virales, un excès de triglycérides dans le sang (hypertriglycéridémie) ou certains examens endoscopiques des voies biliaires et pancréatiques [22].

On distingue deux formes :

La pancréatite aiguë apparaît rapidement. Si les formes légères évoluent souvent favorablement, certaines formes sévères peuvent provoquer une nécrose du pancréas, un choc ou une défaillance d’organes et engager le pronostic vital [22].
La pancréatite chronique entraîne des lésions durables du pancréas. Au cours de son évolution, elle peut altérer sa fonction exocrine, qui produit les enzymes digestives, et sa fonction endocrine, qui participe notamment à la régulation de la glycémie ; certains patients développent une insuffisance pancréatique exocrine ou un diabète pancréatogène, dit de type 3c [23], distinct du diabète de type 1, d’origine auto-immune.

Une douleur intense et inhabituelle de la partie supérieure de l’abdomen, particulièrement lorsqu’elle apparaît brutalement, irradie vers le dos ou s’accompagne de vomissements, nécessite une évaluation médicale urgente [24].

Savoir reconnaître ce qui relève du médecin fait partie du socle de tout thérapeute. L’École de Santé de Suisse Romande, qui publie cet article, consacre un week-end entier de sa formation Anatomie Physiologie Pathologie au système digestif, à la nutrition et au métabolisme, examen clinique digestif compris.

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Si vous envisagez de devenir thérapeute, l’anatomie et la physiologie du système digestif font partie du socle à maîtriser. L’ESSR l’enseigne dans sa formation Anatomie Physiologie Pathologie à Genève, à Lausanne ou en ligne : 150 heures de cours réparties sur 6 mois, en 9 week-ends, en salle ou en direct à distance, avec le même enseignement et un diplôme de même valeur.

Les cours sont écrits et supervisés par des médecins, et le diplôme est signé par un médecin. La formation apporte 150 heures de bases médicales pouvant être prises en compte dans certains parcours de reconnaissance de la Fondation suisse pour les médecines complémentaires ASCA ou du Registre de médecine empirique (RME) ; l’agrément final dépend de la méthode exercée, des autres formations et des conditions propres à chaque organisme. Plus de 98 % des étudiants réussissent l’examen final de la formation, selon les chiffres de l’ESSR, et l’école réunit plus de 1'300 avis Google, avec une note de 4.9/5. Un accompagnement personnalisé vous suit tout au long du parcours.

« Un thérapeute n’a pas besoin de connaître la digestion comme un gastro-entérologue. Il doit la comprendre assez finement pour sentir quand une plainte sort de son champ et appartient au médecin », résume François Dupuis, médecin et directeur médical de l’ESSR.

La formation coûte 2'950 CHF pour une session de printemps ou d’automne (tarif au 28 octobre 2026), payable en 1, 3 ou 5 fois sans frais. Elle est éligible au chèque annuel de formation (CAF) genevois de 750 CHF, sous conditions. Un essai gratuit et sans engagement vous ouvre la documentation et la première leçon. Pour prolonger ce socle, les modules Nutrition et Pathologies sont à votre disposition.

Conclusion

L’anatomie et la physiologie du système digestif se lisent comme un trajet. La bouche broie et humidifie, l’œsophage propulse, l’estomac stocke et fragmente, l’intestin grêle absorbe l’essentiel de l’eau et des nutriments, le côlon récupère une partie de l’eau restante et forme les selles, que le rectum reçoit avant l’évacuation. Le foie, la vésicule biliaire et le pancréas fournissent bile et suc pancréatique, et les replis du péritoine tiennent les organes en place. Connaître ce fonctionnement normal aide à repérer des symptômes inhabituels. Une douleur abdominale supérieure intense et inhabituelle, notamment lorsqu’elle irradie vers le dos, doit conduire à une évaluation médicale urgente, sans attendre de connaître sa cause ou sa gravité [24]. La formation Anatomie Physiologie Pathologie de l’ESSR y consacre un week-end complet, et ses bases médicales peuvent compter dans certains parcours de reconnaissance ASCA ou RME.

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Questions fréquentes

L’estomac absorbe-t-il les aliments ?

Très peu. Seules quelques substances, comme l’alcool et l’aspirine, passent directement de l’estomac dans le sang, et en très petites quantités [4]. L’essentiel des nutriments est absorbé plus loin, dans l’intestin grêle [6].

À quoi sert la vésicule biliaire dans la digestion ?

La vésicule biliaire stocke la bile produite par le foie et la libère vers l’intestin grêle après le repas [3] ; sa contraction est déclenchée par la cholécystokinine, une hormone libérée quand des graisses et des protéines arrivent dans l’intestin [14]. La bile n’est pas une enzyme : ses sels biliaires facilitent l’émulsification des graisses et permettent la formation de micelles, qui favorisent l’absorption des produits de la digestion des lipides. Dans la vésicule, jusqu’à 90 % de l’eau de la bile est réabsorbée, ce qui la concentre, et environ 90 % des sels biliaires sont réabsorbés dans l’iléon puis renvoyés au foie, 10 à 12 fois par jour [13].

Quel est le rôle des bactéries du gros intestin ?

Les bactéries du gros intestin poursuivent la digestion de certaines matières, ce qui produit des gaz [8]. Certaines fermentent une partie des fibres alimentaires et produisent des acides gras à chaîne courte, dont le butyrate, principale source d’énergie des cellules du côlon, qui participe aussi au maintien de la barrière intestinale [9]. Certaines fabriquent enfin de la vitamine K, importante pour la coagulation [8], sous forme de ménaquinones dont la contribution exacte aux besoins de l’organisme reste difficile à quantifier.

Où apprendre l’anatomie et la physiologie du système digestif en Suisse romande ?

L’ESSR, École de Santé de Suisse Romande, enseigne le système digestif dans sa formation Anatomie Physiologie Pathologie, en salle à Genève ou à Lausanne, ou en direct en ligne. Un week-end entier y est consacré, examen clinique digestif compris. La formation compte 150 heures sur 6 mois ; ces bases médicales peuvent être prises en compte dans certains parcours de reconnaissance ASCA ou RME, l’agrément final dépendant de la méthode exercée, des autres formations et des conditions propres à chaque organisme.